La historia de Fátima está permanentemente asociada a la existencia de tres niños: Lucía y sus primos, Francisco y Jacinta Marto, que el 13 de mayo de 1917 guardaban el rebaño a la sombra de las encinas de un lugar llamado Cova da Iria y vislumbraron una claridad, la aparición de una "Señora vestida de blanco", donde se encuentra ahora la Capilla de las Apariciones. Apareciéndose a los niños, la Virgen María dijo que había sido enviada por Dios con un mensaje para cada hombre, mujer y niños de nuestro siglo. Se apareció en un momento en que la humanidad estaba siendo castigada por la guerra y la violencia sangrienta, Ella prometió que el Cielo concedería la paz a todo el mundo si Sus peticiones de oración, reparación y consagración fuesen escuchadas y obedecidas.
Nuestra Señora de Fátima explicó a los niños que la guerra es un castigo del pecado y advirtió que Dios seguiría castigando el mundo por su desobediencia a Su deseo, a través de la guerra, del hambre y de la persecución de la Iglesia, del Santo Padre y de los fieles católicos. La Virgen les pidió que orasen mucho por el bien del mundo y anunció que iba a volver en los próximos meses todos los días 13. La última Aparición fue en octubre, presenciada por alrededor de 70.000 peregrinos que asistieron al Milagro del Sol.
El mensaje de la Virgen al mundo se basa en lo que se ha venido a llamar el "secreto", que Ella confió a los tres niños videntes en julio de 1917. El secreto en realidad consiste en tres partes. La primera parte fue una visión horrible del infierno "donde van las almas de los pobres pecadores." La segunda parte del secreto profetizó específicamente el inicio de la Segunda Guerra Mundial. La última parte del secreto (a menudo llamado el "Tercer Secreto") fue escrito por Lucía dos Santos, en 1944 y está en posesión de la Santa Sede desde 1957.
Años después, la Hermana Lucía también cuenta que, entre abril y octubre de 1916, un Ángel se apareció a los tres videntes, tres veces, dos en la Loca do Cabeço y otra junto al pozo del patio trasero de la casa de Lucía, invitando a la oración y la penitencia.
Para señalar el lugar de las Apariciones se construyó un arco de madera con una cruz. El pequeño árbol poco a poco fue desapareciendo llevado por los peregrinos. El 6 de agosto de 1918, con las limosnas de los fieles comenzaron a construir una pequeña capilla en honor de la Virgen, hecha de piedra y cal cubierta con tejas con 3,30 metros de largo, 2,80 metros de ancho y 2,85 metros de altura. Fue la primera construcción del actual recinto de oración.
Fátima es hoy considerada por muchos como el Altar del Mundo, donde huele a promesas y velas quemadas y donde acuden millones de peregrinos movidos por la mayor fuerza del mundo: la fe. Fátima, ciudad de paz. Tierra de Milagros y Apariciones.